Mikrobiom jelitowy, mikrobiota czy mikroflora jelit, to zespół mikroorganizmów człowieka, który jest niezmiernie ważnym organem naszego ciała. Bakterie przewodu pokarmowego pełnią szereg korzystnych funkcji i wpływają na zachowanie homeostazy całego organizmu. Zaburzenia w składzie i ilości poszczególnych mikroorganizmów jelitowych mogą być przyczyną licznych chorób, w tym alergii, atopowego zapalenia skóry, nieswoistych chorób zapalnych jelit, depresji. Liczba mikroorganizmów jelitowych jest blisko 10-krotnie większa niż liczba komórek naszego organizmu i wynosi około 1014 na gram kału. W przewodzie pokarmowym występuje aż 1500 różnych gatunków drobnoustrojów . Liczba bakterii w jelicie zmienia się, wraz z warunkami panującymi w poszczególnych jego odcinkach. – W jelicie czczym wynosi 105 -107 , z najważniejszymi rodzajami Bacteroides, Lactobacillus oraz Streptococcus. – W jelicie krętym zwiększa się do 107 -108 , z przewagą Bacteroides, Clostridium, Enterococcus, Lactobacillus, Veillonella i  Enterobacteriaceae. – W jelicie grubym, wraz ze spowolnieniem pasażu jelitowego drobnoustroje mają najkorzystniejsze warunki rozwoju, zatem ich liczba wzrasta nawet do 1012,  z przewagą Bacteroides, Clostridium, Bifidobacterium, Enterococcus, Eubacterium, Fusobacterium, Peptostreptococcus,  Ruminococcus, Streptococcus i Bacillus. – Jelito grube to organ o największej aktywności metabolicznej.   Oddziaływanie mikroflory na zdrowie i fizjologię człowieka jest wielokierunkowe. W naszym organizmie w sposób ciągły występuje komunikowanie się między sobą komórek bakterii i komórek gospodarza (cross-talk process). To właśnie ten mechanizm warunkuje homeostazę organizmu i określa jego zdrowie bądź chorobę. Drobnoustroje bytujące w jelitach pełnią szereg funkcji, które możemy podzielić na cztery grupy: –  immunologiczną – ochronną –  troficzną –  metaboliczną Do najważniejszych należy przede wszystkim, rozwój i koordynowanie działania układu immunologicznego gospodarza. Można śmiało powiedzieć, iż bez bakterii jelitowych nie ma życia. Zasadniczą różnicą między florą patogenną, a autochtoniczną jest fakt, iż ta druga nie aktywuje odpowiedzi immunologicznej gospodarza. Wręcz przeciwnie, jest tolerowana przez systemy obronne organizmu i stanowi istotny element rozwoju układu immunologicznego już od momentu narodzin. Swoisty „trening” immunologiczny rozpoczyna się w momencie pojawienia się pierwszych bakterii w jałowym przewodzie pokarmowym noworodka, a więc już w trakcie porodu. Proces ten jest niezwykle istotny. Odpowiednia kolonizacja na tym etapie, wywiera ogromny wpływ na funkcjonowanie organizmu w aspekcie długofalowym. Działalność ochronna mikroorganizmów jelitowych jest ich kolejną niezmiernie istotną funkcją. Symbiotyczne bakterie jelitowe zapobiegają zasiedlaniu się i ekspansji mikroorganizmów patogennych poprzez zajmowanie receptorów na powierzchni nabłonka jelit. Ponadto konkurują z innymi mikroorganizmami o składniki odżywcze, witaminy i czynniki wzrostu oraz wytwarzają szereg substancji bakteriostatycznych i bakteriobójczych. Poprzez produkcję kwasu mlekowego czy octowego obniżają pH stwarzając niekorzystne warunki dla zasiedlania się bakterii patogennych. Dodatkowo przywracają równowagę limfocytów Th1:Th2 oraz nasilają aktywność makrofagów. Bakterie jelitowe wspomagają także początkowy etap procesu trawienia, jak również wytwarzają enzymy trawienne oraz witaminy z grupy B oraz witaminę K .   Wszystkie te procesy wzajemnie się uzupełniają, wpływając tym samym na ogólne zdrowie gospodarza. Szczególnie istotne dla prawidłowego funkcjonowania organizmu są bakterie produkujące krótkołańcuchowe kwasy tłuszczowe (ang. SCFA – short-chain fatty acids), które stanowią istotne źródło energii dla kolonocytów. U podstawy procesów zapalnych w obrębie jelit leży przede wszystkim niedobór energii. Produkcja SCFA odbywa się na drodze fermentacji węglowodanów nie poddających się trawieniu w jelicie cienkim . Najwięcej energii komórkom jelit, ok. 70% dostarcza kwas masłowy (maślan). Bakterie produkujące kwas masłowy  to w większości ścisłe beztlenowce z rodziny Firmicutes. Jeden z najliczniejszych producentów kwasu masłowego z tej grupy to Faecalibacterium prausnitzii. Jest to komensalna bakteria, stanowiąca 5-10% całkowitej mikrobioty jelitowej, która dzięki wytwarzaniu maślanu posiada właściwości przeciwzapalne. Wspólnie z F. prausnitzii w utrzymywaniu ciągłości bariery jelitowej uczestniczy także Akkermansia municiphila . Obie bakterie są zależne od siebie, a ich obopólne działanie jest istotne dla odżywiania i utrzymywania ciągłości nabłonka jelitowego . Dzięki pozytywnemu oddziaływaniu na śluzówkę jelit, zarówno F. prausnitzii jak i A. muciniphila wpływają na zmniejszenie przesiękliwości jelitowej, która może być przyczyną przewlekłego stanu zapalnego. Bakterie te są możliwe do oznaczenia dzięki metodom molekularnym.   Badanie składu flory bakteryjnej przewodu pokarmowego człowieka to ważny element przed przystąpieniem do suplementacji probiotycznej w razie wystąpienia chorób, których podłożem jest tzw. dysbioza jelitowa. W naszym organizmie żyją miliardy bakterii, które decydują o stanie naszego zdrowia, jakości życia i podstawowych procesach metabolicznych. Jelita to drugi mózg, więcej informacji przepływa z jelit do mózgu niż odwrotnie! Bakterie zasiedlające i tworzące nasz mikrobiom możemy podzielić na kilka grup: bakterie immunostymulujące, w tym: Escherichia coli, Enterococcus spp. Mikroorganizmy te mają zdolność do pobudzania komórek układu immunologicznego, a w konsekwencji także do wzrostu ilości sIgA. Niepatogenne szczepy E.coli i Enterecoccus zapobiegają również kolonizacji i translokacji bakterii chorobotwórczych, hamują adhezję wirusów oraz inaktywują substancję toksyczne Redukcja ilości drobnoustrojów immunostymulujacych znamiennie koreluje ze zmniejszeniem odporności organizmu i w konsekwencji z występowaniem nawracających infekcji organizmu.     bakterie ochronne, w tym: Lactobacillus spp., Lactobacillus spp. wytwarzający H2O2, Bifidobacterium spp., Bacteroides spp. Pałeczki z rodzaju Lactobacillus, produkujące nadtlenek wodoru (H2O2), są szczególnie istotnie klinicznie, gdyż charakteryzują się silnym antagonizmem względem bakterii patogennych. Bakterie ochronne zapobiegają kolonizacji mikroorganizmów potencjalnie patogennych. Drobnoustroje te stanowią ok. 90% biomasy jelita, co wskazuje na zasadniczą ich rolę w utrzymaniu zdrowia. Zmniejszenie ilości bakterii ochronnych prowadzi często do występowania dolegliwości ze strony przewodu pokarmowego (wzdęcia, biegunki, zaparcia) i ogólnego pogorszenia stanu zdrowia – jako, że bakterie te oddziałują wielokierunkowo na cały organizm bakterie odżywiające nabłonek jelit, w tym Faecalibacterium prausnitzii, Akkermansia muciniphila. Mikroorganizmy te zapewniają śluzówce jelit odpowiednią ilość składników odżywczych, przez co są niezbędne do zachowania ciągłości bariery jelitowej. Niedobór ich ilości skutkuje stanem zapalnym w obrębie śluzówki jelit, co może być czynnikiem spustowym do rozwoju licznych jednostek chorobowych, w tym chorób autoimmunologicznych bakterie proteolityczne, w tym: potencjalnie patogenne szczepy Escherichia coli, Klebsiella spp., Enterobacter spp., Serratia spp., Citrobacter spp., Proteus spp., Pseudomonas spp., Clostridium spp. Mikroorganizmy te, z uwagi na szereg wytwarzanych metabolitów wywierają niekorzystny wpływ na zdrowie gospodarza, przede wszystkim na drodze syntezy substancji genotoksycznych, karcinogennych czy mutagennych.